Además de estas asignaturas teóricas y de diseño metodológico obligatorias, el mapa curricular incluye cinco materias optativas que pueden ser cursadas en el CEG, en otros Centros de El Colegio de México e incluso en otras instituciones académicas. Para asegurar la articulación y pertinencia de la selección de estos cursos o seminarios optativos, las propuestas del estudiantado serán revisadas y aprobadas por la persona a cargo de la dirección de tesis, la Coordinación Académica y la Junta de Profesores-Investigadores.
Las materias optativas podrán ser ofrecidas por el Centro de Estudios de Género, ya sea por parte del profesorado de su claustro o por docentes de otros Centros o instituciones invitadas. Asimismo, podrán ser elegidas, entre los cursos y seminarios semestrales ofrecidos por las nueve maestrías y ocho doctorados de El Colegio de México, siempre y cuando los créditos u horas de clase sean equiparables. En caso de que la dirección de tesis, la Coordinación Académica y la Junta de Profesores-Investigadores del CEG así lo decida, también se podrán cursar en otros posgrados de reconocido prestigio.
